云南茶区主要位于温暖潮湿的亚热带、热带和暖温带地区，适宜病虫杂草孳生蔓延和繁衍，茶树病虫害种类多，据统计云南茶区茶树病虫害约326种，其中病害约30种，害虫约296种。
茶树芽叶病：害主要有茶白星病、茶饼病、茶芽枯病、茶轮斑病、茶云纹叶枯病等，前两种病害为低温高湿型病害，高山茶区发生较重。茶轮斑病、茶云纹叶枯病、茶炭痘病和茶煤病等则为成叶、老叶的主要病害，各茶区均有发生。
茶树茎病：主要有茶红锈藻病、茶枝梢黑点病等。老茶园和古茶园中常见茎病有苔藓地衣、膏药病。茶胴枯病在幼龄茶园、苗圃和留养枝条的茶地有发生，其中对幼龄茶园和苗圃危害较大。
茶树根病：主要有茶根腐病类和茶苗根结线虫。
茶树害虫：大部分为昆虫(茶树害虫约296种，其中昆虫约285种)，还有少数害螨和害鼠昆虫群落中以鳞翅目蛾类和同翅目蚧类为多。就全省而言，众多广布性害虫种类，以滇南至西南部大叶种地区发生为多，危害较重。而且存在某些地区性特点的南方种类，如茶黄蓟马、茶籽盾蝽、咖啡小爪螨、茶谷蛾、大蟋蟀、黑壶链蚧、茶旋皮象甲、茶跗眼天牛、茶枝小蠹虫等，以上属种限于南部或至少种群发生与危害较北部为甚，滇北小叶种地区，茶树害虫种类相对较少，与四川、贵州邻省虫情相近似，茶脊冠蝽在昭通、曲靖一带同样有所发生而为滇南茶区所不及。
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