通常所说的发酵，多是指生物体对于有机物的某种分解过程。发酵现象早已被人们所认识，但了解它的本质却是近200年来的事。微生物生理学严格定义的发酵：有机物被生物体氧化降解成氧化产物并释放能量的过程统称为生物氧化。
工业生产上定义的发酵——工业发酵：工业生产上笼统地把一切依靠微生物的生命活动而实现的工业生产均称为发酵，比如啤酒酿造、味精生产等。食品中的发酵：发酵食品是指人们利用有益微生物加工制造的一类食品，具有独特的风味，如酸奶、干酪、酒酿、泡菜、酱油、食醋、豆豉、黄酒、啤酒、葡萄酒等。
茶叶的发酵——生物氧化
人们常说，中国茶叶按照发酵程度的不同以及综合制法，分为六大茶类。但这里的发酵一词，在中国茶叶的惯用语境中，则与上述微生物发酵全然不同。在茶叶中，同一片绿叶是通过控制生物氧化而被加工成绿茶、红茶、乌龙茶等，这一过程也被错误地称作发酵。这一过程更像是一系列的酶促反应，也许更应该被称作生物氧化。茶叶的生物氧化是细胞壁破损后，存在于细胞壁中的氧化酶类促进儿茶素类进行的一系列的氧化过程。
在茶叶的细胞里，儿茶素类存在于细胞液中，而氧化酶主要则存在于细胞壁中，而非主要存在于微生物中，所以需要使细胞壁破损。这也自然解释了发酵茶需要揉捻的原因。根据多酚类物质氧化程度的不同，也就区分了全发酵、半发酵、轻发酵。在红茶中，多酚类氧化程度很高，则称之全发酵;乌龙茶中多酚类的氧化程度约一半左右，则被称为半发酵。
例如在红茶加工中，发酵目的是使叶子中所含儿茶素氧化。叶色由绿色转变成铜红色，生成红茶特有的颜色。茶叶液胞膜受损伤后，液泡内的多酚类、氨基酸等物质，逐步被氧化，同时由于儿茶素氧化，使叶子中一部分物质进行化学作用，生成红茶特有的色香味品质。
以上是中国茶叶常说的发酵基本含义。不过，由于中国茶叶种类繁多，加工工艺和制法丰富多彩，品质形成的界定各有不同，在有些茶叶的制作和品质形成过程中，除了上述的除自身酶促反应的生物氧化意义上的发酵外，有些环节也会有微生物也会参与。例如，普洱茶熟茶的渥堆发酵过程，除酶促作用外，也有微生物的参与。经分离研究，主要的微生物有黑曲霉、米曲霉、棒曲霉、灰绿曲霉、根霉、乳酸菌及酵母菌等。尽管如此，我们还是有必要区分清楚微生物参与的发酵和生物氧化意义上的发酵——否则，概念上的含混不清，容易导致大家对茶叶品质形成机理的误读。
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